L'histoire de San Juancito est inextricablement liée à la richesse minérale des montagnes dans lesquelles elle se trouve.
Avant l'arrivée des Espagnols, les descendants du peuple Tolupan / Jicaque exploitaient aujourd'hui, à petite échelle, les minéraux de la région. Au 16ème siècle, les Espagnols ont fait une tentative de courte durée pour extraire le minerai des montagnes de la région. Utilisant la population indigène comme main-d'œuvre, ils ont procédé à l'extraction d'or et d'argent à flanc de montagne; Cependant, après quelques années, la population indigène a été si dévastée par des maladies abyssales et des conditions de travail que les Espagnols, sans source de travail fiable, se sont emballés et ont déménagé vers d'autres sites apparemment plus viables au Honduras.